繳費地點可至全國各金融機構、郵局或濃漁會以通匯系統方式繳費。收款行為「中央銀行國庫局」，帳號為「270055」，戶名為「土壤及地下水污染整治基金401專戶」。

收費辦法之規定當季應繳整治費金額200元以下不須繳費，但仍須申報。至於申報頻率部份，考量減少頻率將使得每次申報所包含月份增加，繳費人需保留較久遠資料且查核不易，目前暫不考量延長, 仍維持一季一次。